Pirmoji bažnyčia Kruonyje galėjo būti pastatyta dar XV a., kuriai 1472 m. aprūpinimą suteikė LDK Kazimieras. 1610 m. Teodoras Bogdanas Oginskis pastatė pirmąją Lietuvoje unitų (pravoslavų) bažnyčią. 1628-1629 m. prie jos įsteigtas vienuolynas. Apie 1840 m. unitų vienuolynas buvo panaikintas, vienuoliai išsikėlė. Tuo metu katalikai naudojosi nedidele medine bažnyčia su 2 varpinėmis. Ši bažnyčia buvo nugriauta, o unitų bažnyčia 1919 m. atiduota katalikams. Švč. Mergelės Marijos, Angelų karalienės bažnyčia – architektūros paminklas. Bažnyčios šventorių juosia akmenų mūro tvora.